Mantener una red de información que te permita conocer los movimientos del enemio no es la única rama importante dentro de un Sistema de Inteligencia. Mantener los espias enemigos lejos de tu red de información es prácticamente más importante de todo ello. Cuando una unidad desee crear un Sistema de Inteligencia deberá empezar formando la sección de ContraEspionaje. Se deberán investigar a todos los miembros de la unidad y establecer, de un modo seguro, cuales son sus orígenes y sus motivos para unirse a la unidad.

Esta sección suele estar en constante contacto con la red pasiva de recogida de información, con el fin de detectar cualquier movimiento de un espia enemigo dentro de sus tropas. Suele haber miembros de esta sección infiltrados dentro de las tropas de la unidad. De esa forma podrán entablar relaciones con los demás miembros y enterarse de cualquier rumor y actividad sospechosa de cualquier miembro. La detección de agentes dobles suele ser llevada a cabo con métodos poco ortodoxos, y los jefes de los miembros de contraespionaje suelen hacerse el despistado con los métodos utilizados por sus subordinados. Los miembros de esta sección deberán estar bien entrenados en técnicas de interrogación y psicología, así como en el uso de armas y técnicas de defensa personal.

Otra de las labores de esta sección es echar abajo rebeliones internas e informar a sus superiores de cualquier movimiento en contra de la unidad.